Luego de una búsqueda extensiva de información sobre clasificación filogenética actual y antigua pudimos ver la diferencia entre ambas. El gen 16s rRNA es el culpable de esto. Este gen es utilizado en la clasificación filogenética, ya que es conservado entre bacterias y archaeas. Para identificarlo se hace un análisis comparativo de su secuencia utilizando unos “primers” llamados “primers universales”. Científicos prefieren utilizar este gen ya que diferencia las bacterias de plantas y animales, los cuales contienen el gen 18S rRNA; además es un gen relativamente corto ( 1.5 kb), haciendo el proceso mas rápido y barato en comparación con otros genes que podrían utilizarse.
