Trabajo especial de bioinformática

¿Cuántos cromosomas tiene un perro, una rata y Arabidopsis?

Þ    El perro tiene 78 cromosomas.

Þ    La rata tiene 42 cromosomas.

Þ    La planta Arabidopsis tiene 12 cromosomas.

Utilizando el recuadro de Search, determine en qué cromosoma(s), se encuentran los

genes relacionados con lo siguiente: (recuerde presionar find luego de escribir la premisa)

a. Anemia falciforme (sickle cell anemia)- los genes relacionados a esta enfermedad se encuentran en el cromosoma #5

b. Parkinson- los genes relacionados a esta enfermedad se encuentran en los cromosomas: 1,2,4,5,6,8,9,11,12,17,18 y X

c. Alzheimer – los genes involucrado en la enfermedad son 1,3,4,7,8,9,10,11,12,14,17,19,20,21 y X

d. fibrosis cística- los genes envueltos en la fibrosis cística están en los cromosomas  son el 1, 7, 13 y 19

e. Diabetes- los genes relacionados a esta enfermedad son del #1-#29 y el X

f. cáncer de riñón- los genes relacionados al cáncer de riñón son el 1,2,3,9,11 y 17

Usando GenBank, realice una búsqueda de la siguiente secuancia de de acceso: AF321136

Abra el archivo y conteste:

a. organismo del cual proviene la secuencia:

·      Rhodobacter sphaeroides

b. número de genes presentes en la secuencia:  3 genes

   o   maturation protein CcmF (ccmF) gene
       o   maturation protein CcmH (ccmH) gene
   o   enoyl-CoA-hydratase-like protein gene

c. función sugerida de alguno de el o los genes:

·      maturation protein CcmF (ccmF) gene: Codifica para la proteína que asiste en la maduración la subunidad CcmF

·      maturation protein CcmH (ccmH) gene: Codifica para la proteína que asiste en la maduración la subunidad CcmH

·      enoyl-CoA-hydratase-like protein gene: Codifica para una proteína que actúa de forma similar a enoyl-CoA-hydratase, la cual hidrata los enlaces dobles entre el segundo y tercer carbón en acyl-CoA.

d. Seleccione 20 nucleótidos de cualquier región de uno de los genes.

·      maturation protein CcmF (ccmF) gene

1. tcttcagcgc cgcggtccag

e. Seleccione los amino ácidos que desee de una de las secuencias de proteínas presentes.

·      maturation protein CcmH (ccmH) gene:1.     MRLAALLLAALLATPAFAVQPDEILPDPALEARARDISQGLRCLVCRNENIDDSNAQLARDLRLLVRERLAAGDSDAEVVEFVVDRYGEYVLLNPTTGGANLILWIAGPAMLAGGLGLAALYLRRRRTAPDAASAALSDEEQARLPEILKD

Vaya a http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ y determine a qué organismo pertenece la siguiente secuencia de:

a. Realice una búsqueda usando la secuencia de DNA y proteínas que copio en 2d y  2e (arriba).

b. ¿Cuáles fueron los tres primeros “hits” obtenidos de cada una?           

2d:

1.     CP000143.1 Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 chromosome 1, complete sequence

2.     AF321136.1Rhodobacter sphaeroides maturation protein CcmF (ccmF) and maturation protein CcmH (ccmH) genes, complete cds; and enoyl-CoA-hydratase-like protein gene, partial cds

3.     CP000474.1Arthrobacter aurescens TC1, complete genome

2e:

1.     AAK08206.1 maturation protein CcmH [Rhodobacter sphaeroides]

2.     YP_352691.1 cytochrome c maturation protein, CcmH [Rhodobacter sphaeroides 2.4.1] >gb|ABA78790.1| Cytochrome c maturation protein, CcmH [Rhodobacter sphaeroides 2.4.1]

3.     YP_002525306.1Maturation protein CcmH [Rhodobacter sphaeroides KD131] >gb|ACM00805.1| Maturation protein CcmH [Rhodobacter sphaeroides KD131]